（1）施肥的时间及部位不同。基肥一般是在蔬菜栽植以前施入的，故基肥可以翻入耕作层下面，也可以进行全层施肥；而追肥一般在栽植后、生长的过程中进行，故一般只能沟施、穴施或泼施，其深度较浅。
（2）施肥的方式和用量不同。基肥一般深施和全层施，而且要供给整个生育期，故一般用量较大，且要一次性施入。追肥是根据各类蔬菜不同生长阶段对不同元素的要求追施不同种类的肥料，一次用量不大，但次数较多。
（3）基肥和追肥的肥料种类不同。由于基肥要供给整个或大半个生长期的营养，故基肥一般以迟效性，释放缓慢的有机肥为主，追肥是为了满足植株短期内对某种元素的需要，故多为速效性的化肥或液肥。
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