选定了优良品种，还必须选用优质的种子才能在生产上种植利用，才能真正获得良种带来的效益。由于种种原因，如，采用后期棉铃的种子苗种，或采用种子贮存时间过长或贮存时发生霉的劣质种子播种，往往发芽率和出苗率低，出苗迟缓而弱，棉苗发育不良，最终导致减产。
所以，优良的棉花种子，除了确定是某个优良品种的高纯度种子外，还必须是种子充分成熟，饱满，有活力，即健子率更高；种子发芽性能好，发芽较快，即发芽率高，发芽势好，种子要纯净，如破碎种壳，虫子，病子，僵瓣及泥土、砂石等杂物要少，即净度要高，再是种子含水量不能高了，要符合标准。棉花种子 (毛子) 质量标准如下表。
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